Regimes de exceções: a Câmara retirou a possibilidade de desoneração na aquisição de medicamentos e dispositivos médicos por entidades de assistência social sem fins lucrativos. A cesta básica estendida, que teria alíquota reduzida em 60%, além de cashback para a população mais vulnerável, também foi retirada do texto.
Zona Franca de Manaus: um dos pontos mais sensíveis do texto tinha a ver com a criação da Contribuição de Intervenção no Domínio Econômico (Cide) para a Zona Franca de Manaus, adicionada ao texto pelo senador Eduardo Braga (MDB-AM). A possibilidade foi retirada do texto e substituída pela aplicação do Imposto sobre Produtos Industrializados (IPI) específico para a Zona Franca de Manaus.
Combustíveis e lubrificantes: o Senado havia inserido combustíveis e lubrificantes em um regime específico. No entanto, a Câmara rejeitou a mudança.
Comitê Gestor do IBS: pelo texto aprovado, o Senado não vai ser o responsável por sabatinar o indicado para presidir o Comitê Gestor do Imposto sobre Bens e Serviços. Com isso, o nome escolhido assumirá a função sem passar pelo crivo do Congresso. Já a fiscalização do comitê não será feita em conjunto com assembleias nem câmaras legislativas, apenas pelos tribunais de contas, por meio de um órgão colegiado.
Benefícios para o setor automotivo: um dos pontos mais sensíveis do acordo da reforma tributária tinha a ver com os benefícios fiscais para as montadoras de carro instaladas no Norte, no Centro-Oeste e no Nordeste. Durante a votação, acabou suprimido do texto o trecho que previa um regime especial de incentivo para peças de carro elétrico produzidas nessas regiões.
Os deputados mantiveram, no entanto, a prorrogação dos benefícios fiscais a empresas automobilísticas instaladas nas três regiões até 2032. Pelo relatório, eles ficaram condicionados à realização de investimentos produtivos e desenvolvimento tecnológico. Além disso, o benefício terá regressão progressiva, ou seja, será mantido nos níveis atuais, até o ano de 2025, e terá redução de 20% por ano, de 2029 a 2032.
Imposto seletivo para armas e munições: o texto da reforma tributária previa a incidência do imposto seletivo sobre armas e munições, exceto para produtos adquiridos pela administração pública. No entanto, um destaque do Partido Liberal (PL) alterou essa regra e isentou os produtos do tributo. Ficam fora da regra do imposto seletivo a fabricação, a importação e a comercialização de armas e munições.
Imposto Seletivo sobre petróleo: os deputados tentaram alterar a regra para tirar do Imposto Seletivo produtos extraídos da natureza, como petróleo e derivados. A maioria do plenário, no entanto, rejeitou a alteração.
Teto remuneratório dos auditores fiscais estaduais: os auditores fiscais estaduais passam a ter o teto remuneratório equiparado ao teto dos ministros do Supremo Tribunal Federal (STF). Atualmente, a remuneração dos ministros do STF é R$ 41.650,92. A partir de 2024, o valor passará a ser R$ 44.008,52.
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